Nyolc év után Kozma Imre atyát büntetésből helyezték át a zugligeti Szent Család plébániára. Új állomáshelyére azzal a szándékkal érkezett, hogy olyan közösséget épít, amely a templom falai közül kilépve a mindennapokban éli meg kereszténységét. A zugligeti plébániára nem lehetett egyszerűen csak hittanra járni, a tanítványoknak konkrét segítő feladatokat kellett vállalniuk. A templomi közösség folyamatosan növekedett, évek alatt a későbbi Magyar Máltai Szeretetszolgálat bölcsője lett.

Kozma Imre atya 1987-ben találkozott a Németországból érkező Csilla von Boeselager asszonnyal, és ez a találkozás Szuverén Máltai Lovagrend nemzetközi hátterével kapcsolta össze a zugligeti templom körül szerveződött, több száz főből álló közösséget.

A Magyar Máltai Szeretetszolgálat Magyarországon 1989. február 4-én 31 alapító tag részvételével jött létre. Ugyanebben az évben, augusztus 14-én Kozma Imre atya és Csilla von Boeselager döntése nyomán megnyitották az első menekült tábort a zugligeti templom udvarán az addig utcákon, parkokban éjszakázó keletnémet családok előtt. Ezzel a döntéssel az akkori Európa legnagyobb humanitárius akcióját vette kezdetét, melynek során 48.600 menekültről gondoskodtak.

1989 végén a romániai forradalom után az egész Európából érkező nemzetközi segélyszállítmányokat a Máltai Szeretetszolgálat vitte át a határon. A délszláv háborúban menekültek ezreinek nyújtott segítséget a Kozma Imre atya által vezetett Szeretetszolgálat. Az alapítása óta eltelt három évtizedben Kozma Imre atya irányítása alatt a Magyar Máltai Szeretetszolgálat az ország egyik meghatározó karitatív szervezetévé vált, amely több mint 230 intézményében napi 13 ezer rászoruló emberről gondoskodik.

Kozma Imre atya 1997-ben, 57 évesen belépett a Betegápoló Irgalmasrendbe. A Rend magyarországi vezetőjeként a keresztény orvoslás hagyományainak újraélesztését tűzte célul, és évek alatt új élettel töltötte meg a szervezet visszakapott kórházait Budapesten, Vácott és Pécsett.

Tevékenységét több mint harminc alkalommal ismerték el rangos kitüntetésekkel. 1996-ban a Reader’s Digest magazin szavazásán az Év emberének választották, 2003-ban a Magyar Köztársaság Középkeresztje díjat vehette át, 2005-ben Prima Primissima díjat kapott. 2007-ben a főváros díszpolgára lett, 2010-ben Francia Becsületrenddel tüntették ki, 2016-ban Európa Polgár díjat kapott. 2020 júniusában, 80. születésnapja alkalmából, több mint fél évszázados papi szolgálata, a betegek, az elesettek és a rászorulók testi-lelki egészségének, szociális helyzetének javításáért folytatott elhivatott, példaértékű életpályája elismeréseként a Magyar Érdemrend középkeresztje a csillaggal magas állami kitüntetést és a Magyar Katolikus Püspökkari Konferencia Pro Ecclesia Hungarie díját vehette át.